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NEJM:利用高通量測序有效預防感染爆發

  • 分類:行業資訊
  • 作者:任若通
  • 來源:金匙基因
  • 發布時間:2019-10-18 13:42
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【概要描述】耳念珠菌(Candidaauris,C.auris)是一種新出現的多重耐藥真菌病原體,通常存在于重癥監護病房(ICU)1,?2,與近年來世界范圍內的多次疫情爆發密切相關。2009年C.auris首次從一例日本患者的耳道中分離3。2011年C.auris被報道可導致嚴重的血液感染4。在歐洲,C.auris已經在英國,西班牙,挪威和德國被確認與臨床感染密切相關5-7。2015年4月至2016年11月期

NEJM:利用高通量測序有效預防感染爆發

【概要描述】耳念珠菌(Candidaauris,C.auris)是一種新出現的多重耐藥真菌病原體,通常存在于重癥監護病房(ICU)1,?2,與近年來世界范圍內的多次疫情爆發密切相關。2009年C.auris首次從一例日本患者的耳道中分離3。2011年C.auris被報道可導致嚴重的血液感染4。在歐洲,C.auris已經在英國,西班牙,挪威和德國被確認與臨床感染密切相關5-7。2015年4月至2016年11月期

  • 分類:行業資訊
  • 作者:任若通
  • 來源:金匙基因
  • 發布時間:2019-10-18 13:42
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耳念珠菌(Candida auris,C. auris)是一種新出現的多重耐藥真菌病原體,通常存在于重癥監護病房(ICU),與近年來世界范圍內的多次疫情爆發密切相關。2009年C. auris首次從一例日本患者的耳道中分離2011年C. auris被報道可導致嚴重的血液感染。在歐洲,C. auris已經在英國,西班牙,挪威和德國被確認與臨床感染密切相關2015年4月至2016年11月期間,倫敦的心胸重癥監護室曾發生過一次涉及72名患者C. auris疫情大爆發

 

 

 C. auris可導致ICU感染疫情爆發

 

近期,牛津大學醫院的研究者們在新英格蘭醫學雜志上發表他們的最新研究Eyre DW, Sheppard AE, Madder H, et al. A Candida auris Outbreak andIts Control in an Intensive Care Setting. N Engl J Med. 2018;379(14):1322-1331),系統描述了C. auris定植的危險因素、定植時間、侵入性感染的發生率、暴發的分子流行病學以及所采取的感染控制措施。

 

2018年新英格蘭醫學雜志發表的C. auris流行病學研究論文研究人員調查了2015年2月至2017年8月期間約翰拉德克利夫醫院神經科學ICU發生的大規模C. auris爆發情況,利用基于Illumin Miseq平臺對患者鼻腔、腋窩、腹股溝、氣管和外傷創口的拭子培養物以及尿液培養物等樣本進行高通量測序分析,發現共有70例患者確診感染C. auris,且有7例發展為侵入性C. auris重度感染,其中66例(94%)曾在神經科ICU接受治療。進一步結合患者住院時間長短和生命體征,以及神經科ICU科室環境和醫用器械等環境高通量測序結果,預測C. auris定殖或感染可能與可重復使用的皮膚表面腋窩溫度計(多變量優勢比,6.80;95%置信區間[CI]2.96~15.63;P<0.001)和全身氟康唑暴露(多變量優勢比,10.34;95%可信區間,1.64~65.18;P=0.01)密切相關。

 

ICU暴露導致C. auris感染爆發

 

通過對患者來源樣本和環境樣本的高通量測序數據進行進化分析,發現本次神經科ICU相關的C. auris感染爆發中所有樣本來源的C. auris基因組序列均與南非C. auris同源,并形成單一的遺傳群集進化枝。同時,從腋窩溫度計等可重復使用設備上分離出的C. auris序列與患者來源序列高度同源,表明C. auris這種新出現的病原體可以持續存在于環境中,并在衛生保健機構中傳播。

 

神經科ICU感染爆發的C. auris 與南非C. auris高度同源

 

“我們發現在一般環境中很少檢測到念珠菌,16個空氣樣本中只有1個是陽性的,”研究論文的第一作者David Eyre博士解釋說: “然而,我們在患者使用的可重復使用器械上找到了念珠菌,尤其是溫度計。因此,我們這項研究清楚地表明,念珠菌能夠在醫療保健環境中持續存在和傳播。“同時,David Eyre博士還認為:“研究C. auris的傳播機制將有助于控制其在世界范圍內的傳播,而我們的研究有助于阻斷念珠菌疫情的爆發。”NIHR牛津大學生物醫學研究中心的英國公共衛生國家感染服務主任Derrick Crook教授認為:“這項研究將直接納入有關可重復使用器械和多用途設備使用的醫療指南,尤其是在未來爆發的情況下需要對該類型設備進行有效凈化。“

 

參考資料:

1. Chowdhary A, Sharma C, Meis JF. Candida auris:A rapidly emerging cause of hospital-acquiredmultidrug-resistant fungal infections globally. PLoS Pathog. 2017;13(5):e1006290

2. Chowdhary A, Voss A, Meis JF. Multidrug-resistant Candida auris:'new kid on the block' in hospital-associated infections?. J Hosp Infect. 2016;94(3):209-212

3. Satoh K, Makimura K, Hasumi Y, Nishiyama Y, Uchida K, Yamaguchi H.Candida auris sp. nov.,a novel ascomycetous yeast isolated from theexternal ear canal of an inpatient in a Japanese hospital. Microbiol Immunol.2009;53(1):41-4

4. Lee WG, Shin JH, Uh Y, et al. First three reported cases of nosocomialfungemia caused byCandidaauris. J Clin Microbiol. 2011;49(9):3139-42

5. Lockhart SR, Etienne KA, Vallabhaneni S, et al. Simultaneous Emergenceof Multidrug-Resistant Candida auris on 3 Continents Confirmed by WholeGenomeSequencing and EpidemiologicalAnalyses. Clin Infect Dis. 2017;64(2):134-140

6. Borman AM, Szekely A, Johnson EM. Isolates of the emerging pathogenCandida auris present inthe UK have several geographic origins. Med Mycol.2017;55(5):563-567

7. Ruiz Gaitán AC, Moret A, López Hontangas JL, et al. Nosocomial fungemiaby Candidaauris: First four reported cases in continental Europe. Rev Iberoam Micol. 2017;34(1):23-27

8. Larkin E, Hager C, Chandra J, et al. The Emerging Pathogen Candida auris:GrowthPhenotype, Virulence Factors, Activity of Antifungals, and Effect of SCY-078,a Novel Glucan SynthesisInhibitor, on Growth Morphology and Biofilm Formation.Antimicrob Agents Chemother. 2017;61(5)

9. Schelenz S, Hagen F, Rhodes JL, et al. First hospital outbreak of the globallyemerging <i>Candidaauris</i> in a European hospital. Antimicrob Resist Infect Control. 2016

10. Eyre DW, Sheppard AE, Madder H, et al. A Candida auris Outbreak and Its Controlin an IntensiveCare Setting. N Engl J Med. 2018;379(14):1322-1331

 

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